詹姆斯史旺森在新書《End of Days: The Assassination of John F. Kennedy》(生前末日，暫譯)中爆料，表示甘迺迪總統在遇刺後，其實腦部是沒有隨著遺體一同下葬，書中則指出，甘迺迪的腦部，是在解剖遺體驗屍時被取出，並放置於不銹鋼容器中，隨後送往特勤局的檔案櫃裡頭，而當腦部與其他遺體的醫學證據被送往國家檔案局後，這些資料最後竟不翼而飛，從此更人間蒸發。
至於偷走腦部的兇手是誰？史旺森告訴《紐約郵報》，認為調查證據指出，應是前司法部長、且正是甘迺迪的親弟弟羅伯甘迺迪所為，不過他推測，羅伯甘迺迪偷走腦部和刺殺案無關，應該只是希望避免哥哥的服藥紀錄與病情曝光。
