上台只有一年的穆爾西被推翻後，軍方消息人士聲稱，他和穆斯林兄弟會一批領導人被拘禁一座軍事設施內。其後穆斯林兄弟會發言人哈達德表示，穆爾西被拘禁在總統府內，他的十二名助手也失去自由；之後他被押往國防部大樓，與他的親信和助手隔離。穆爾西之前堅決拒絕讓步，不接納軍方條件。法新社引述埃及
內政部官員稱，穆爾西目前處於軍方控制，暗示他未來可能會遭起訴。
當局以涉嫌煽動殺害抗議者為名，下令拘捕穆斯林兄弟會最高領袖巴迪亞及其副手沙塔爾。軍方又對三百名穆斯林兄弟會領袖和成員發出逮捕令。一名匿名防衞官員表示，巴迪亞周三晚於開羅以西接近利比亞邊境的港口城市馬特魯被捕，由一架軍方直升機載返開羅。
數以萬計的群眾深夜聚集解放廣場內，熱烈慶祝。群眾在市內多處地點與穆爾西支持者衝突。亞歷山大港最少有一人死亡，五十人受傷；西部城市馬爾薩馬魯赫據報有四人被殺。開羅市內氣氛緊張，街上部署大批裝甲車。
曼蘇爾周四在開羅憲法法院宣誓就任臨時總統。他發表講話稱他計畫舉行大選，但沒有定出時間表。他向參加示威遊行的民眾致敬，又指穆斯林兄弟會是埃及人民一部分，歡迎他們協助「建國」。六十八歲的曼蘇爾，長期於前總統穆巴拉克的政府任職，今年五月被任命為憲法法院院長。
國防部長塞西較早時發表電視講話，指責穆爾西未能與國民和解，逼使軍方介入，與反對派制定未來國家路綫圖，包括暫停使用現行憲法、提前舉行總統選舉、成立聯合政府、成立專門委員會商討修改憲法等。
軍方日前發出最後通牒，要求穆爾西四十八小時內與反對派解決糾紛。限期於周三下午臨近屆滿前一刻，穆爾西發表最後一次公開講話，譴責軍方發動「政變」。限期過後，塞西於電視宣布，穆爾西不再是埃及總統。軍方領袖宣布成立由技術官僚組成的臨時文人政府，取代穆爾西政權，暫時全權管治國家。
塞西周三晚宣布未來發展路綫圖之後，主要反對派聯盟「全國拯救陣綫」領導人之一、國際原子能機構前總幹事巴拉迪、埃及愛資哈爾清真寺大教長、科普特基督教大主教等贊成軍方路綫圖
